Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część druga – analiza obrazu
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2010, Vol 16, Issue 4
Abstract
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat siedemdziesiątych poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na i ch detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej, autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Draga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnien i em zmian w schemacie analizy. Druga część pracy to opis dwóch schematów analizy: klasycznego i obecnie stosowanego. Szczegółowo opracowane zostały metody analizy pojedynczego obrazu 2-DE oraz analizy porównawczej serii obrazów. Przedstawione są algorytmy stosowane do normalizacji, segmentacji obrazu, detekcji plam, dopasowywania do siebie obrazów czy tworzenia map proteomowych jako najważniejsze w całej analizie. Opisano również generowanie profili ekspresji, metody identyfikacji protein oraz internetowe bazy danych 2-DE. Autorzy nie pominęli tak ważnego zagadnienia, jak sposoby porównywania systemów analizujących dane 2-DE. Ta część pracy podsumowuje rozwój, jaki nastąpił wostatnim dziesięcioleciu w metodach stosowanych w analizie komputerowej obrazów 2-DE, którego najważniejszym krokiem było opracowanie nowego schematu analizy, opartego na tworzeniu map proteomowych.
Authors and Affiliations
Agnieszka Suchwałko, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70347
- DOI -
- Views 69
- Downloads 0
WYBRANE METODY OTRZYMYWANIA POROWATYCH RUSZTOWAŃ W INŻYNIERII TKANKOWEJ
Inżynieria tkankowa jest interdyscyplinarną dziedziną, której celem jest opracowanie biologicznych substytutów umożliwiających regenerację lub zastąpienie uszkodzonych lub zmienionych chorobowo tkanek czy organów. Dąży s...
Rola tomografii komputerowej w wirtualnym planowaniu zabiegów implantologicznych w stomatologii
Prawidłowo zaplanowane badanie za pomocą tomografii komputerowej (TK) gwarantuje odpowiednią jakość trójwymiarowych obrazów szczęki lub żuchwy, a następnie poprawność zabiegu implantologicznego. Celem pracy jest przedsta...
Porównanie skuteczności działania ultradźwięków w zależności od dawki w leczeniu ostrogi kości piętowej
Celem badań było porównanie skuteczności dawki 0,8 i 1,2 W/cm² ultradźwięków w leczeniu ostrogi piętowej. 40 pacjentów podzielono na dwie grupy: w jednej grupie zastosowano dawkę 0,8 W/cm², a w drugiej 1,2 W/cm². Na pods...
Zróżnicowanie temperatury powierzchniowej ciała pod wpływem różnych bodźców w badaniach termowizyjnych
Nie ma bezspornych dowodów naukowych wykazujących wpływ skrajnie niskich temperatur na organizm człowieka. Nadal pozostaje wiele niewyjaśnionych zagadnień w zakresie badań podstawowych. Celem pracy jest zbadanie, zgodnie...
Ocena zaawansowania choroby próchnicowej zębów stałych za pomocą urządzeń Diagnodent i Diagnodent Pen 2190
Diagnodent to laserowe urządzenie diagnostyczne, służące do wykrywania patologicznych zmian szkliwa i zębiny w obrębie bruzd na powierzchniach stycznych oraz gładkich. Aparat ten wykorzystuje zjawisko fluorescencji. Cyfr...