Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część pierwsza – eksperyment
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2010, Vol 16, Issue 3
Abstract
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat 70. poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na ich detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Druga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnieniem zmian w schemacie analizy. Pierwsza część pracy koncentruje się na eksperymencie dwuwymiarowej elektroforezy żelowej. Opisano poszczególne kroki eksperymentu: od przygotowania próbki, przez ładowanie próbek do pierwszego wymiaru, IEF, SDS-PAGE, barwienie żeli, aż po zapis obrazów żeli. Praca nie porusza szczegółów biochemicznych eksperymentu. Opisane zostały również formaty plików, technika DIGE, wpływ eksperymentu na dalszą analizę, modyfikacje posttranslacyjne oraz pozyskanie próbek protein z żeli do ewentualne identyfikacji za pomocą innych technik proteomicznych.
Authors and Affiliations
Agnieszka Suchwałko, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70573
- DOI -
- Views 65
- Downloads 0
Termowizyjna analiza zmian temperatury powierzchni skóry po zabiegu sauny suchej u osób zdrowych
Sauna sucha (fińska) jest zabiegiem ciepłoleczniczym, stosowanym powszechnie od wielu lat na całym świecie. Celem pracy było przedstawienie wstępnych wyników badań w zakresie termowizyjnej analizy wpływu zabiegu sauny su...
Zjawisko generowania fal harmonicznych oraz jego wykorzystanie praktyczne ze szczególnym uwzględnieniem współczesnej ultrasonografii
Od wielu lat z postępem w dziedzinie fizyki związany jest postęp w naukach przyrodniczych. Jednym ze zjawisk, które odgrywa coraz większą rolę w naukach przyrodniczych, jest zjawisko generacji drugiej harmonicznej w ośro...
Trening wibracyjny w rehabilitacji kardiologicznej
Celem pracy była analiza możliwości zastosowania treningu wibracyjnego o częstotliwości drgań 3,5 Hz i amplitudach w wysokości 4,0, 4,5, 5,0, 5,5 mm, zmienianych w kolejnych tygodniach o 0,5 mm – w rehabilitacji kardiolo...
Zastosowanie fotogrametrii komputerowej do oceny wybranych parametrów postawy ciała dzieci w młodszym wieku szkolnym
Młodszy wiek szkolny jest okresem intensywnych przemian wynikających z nieukończonego jeszcze procesu kształtowania postawy ciała. Nagła zmiana trybu życia dziecka, wynikająca z ograniczenia aktywności ruchowej, oraz dłu...
Ocena skuteczności krioterapii i magnetoterapii u chorych ze zmianami zwyrodnieniowymi stawów kolanowych
Badaniem objęto grupę 25 osób, u których stwierdzono chorobę zwyrodnieniową stawów kolanowych. Celem pracy była ocena skuteczności zabiegów fizykoterapeutycznych - magnetoterapii i krioterapii. Badano czyany zakres ruchu...