Farklı biyolojik organizmalarda proteomik uygulamalar (Proteomic applications of different biological organisms)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2016, Vol 73, Issue 4
Abstract
ÖZET Marc Wilkins tarafından ilk defa 1994 yılında açıklanan proteomiks terimi bir organizma, doku veya hücrede herhangi bir zamanda bulunan proteinlerin tamamının, geniş çaplı protein ayırma ve tanımlama yöntemleri kullanılarak analiz edilmesi esasına dayanmaktadır. Proteom; belli bir zaman ve mekânda bir organizmanın sahip olduğu ve ifade ettiği bütün farklı proteinlerin tamamıdır. Proteomik; belli bir zamanda belli bir yerde bulunan tüm proteinlerin yapılarını, yerleşimlerini, miktarlarını, translasyon sonrası modifikasyonlarını, doku ve hücrelerdeki işlevlerini, diğer proteinlerle ve makro moleküllerle olan etkileşimlerini ifade eder. Farklı doku ve organların hücrelerinde bulunan DNA’lar birbirine benzese de proteinler birbirine benzememektedir. Bu nedenle özellikle çeşitli hastalıkların tanısında sadece genetik bilimi yeterli olmamakta, aynı zamanda proteomiks bilimine ihtiyaç da gün geçtikçe artmaktadır. Bu derleme kapsamında öncelikle farklı protein ekstraksiyon yöntemleri, iki boyutlu jel elektroforezi (2-DE) ve kütle spektrometresi teknolojilerini içeren proteomik uygulamalar ele alındı. Daha sonra; farklı organizma veya doku kullanımı ile tıbbın farklı alanlarında proteomik yöntemler uygulanarak gerçekleştirilen çalışmalardan bahsedildi. Ayrıca, son yıllarda proteom analizi ile farklı biyolojik organizmaların biyotik veya abiyotik strese maruz kalınca verdiği yanıtın ve savunma mekanizmalarında kullanılan proteinlerin belirlenmesine yönelik çalışmalar üzerine değerlendirmeler yapıldı. ABSTRACT Proteomics described in 1994 for the first time by Marc Wilkins is based on the analysis all proteins present at any time in an organism, tissue or cell by using a largescale protein separation and identification methods. The proteome is all the different proteins that an organism possesses and expresses at a certain time and place. Proteomic expresses the structures of all proteins at a certain time and place, placements, quantities, the post-translational modifications, functions in tissues and cells, and the interactions of other proteins and macro molecules. DNAs in cells of different tissues and organs are similar, but proteins are dissimilar. Therefore, science of genetics is not sufficient for the diagnosis of various diseases. For this reason, there is increasing interest in the science of proteomics day by day. In this review, firstly, we evaluated different protein extraction methods, two-dimensional gel electrophoresis (2- DE), and proteomic applications which include mass spectrometry (MS) techniques. Secondly, it is mentioned that the studies carried out by proteomics in different field of medicine through using of different organism or tissue. In addition, in recent years, the studies have been evaluated to determine the response of different biological organisms and protein used in defense mechanisms when expose to biotic or abiotic stresses by proteome analyses.
Authors and Affiliations
Sinem ÖZENOĞLU, Hatice YILDIZHAN, Duygu ÖZEL-DEMİRALP, Demet CANSARAN-DUMAN
Keywords
Related Articles
- EP ID EP490848
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2016.35761
- Views 150
- Downloads 0
Akciğer kanseri tedavisinde farmakogenomik (Pharmacogenomics in lung cancer treatment)
ÖZET Günümüzde akciğer kanseri erkeklerde en sık rastlanan ve ölümle sonuçlanan kanser tipleri arasında birinci sırayı almaktadır. Hastalığın tedavisine yönelik çalışmalarda en güncel ve önemli ivme insan genom yapısının...
Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır? (How to control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory?)
Amaç: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında invitro amplifikasyon reaksiyonu (IVAR, İn vitro Amplifikasyon Reaksiyonları) ürünleri ile çapraz kontaminasyon, çalışılan testlerde yanlış pozitifliğe neden olabilir. Bu...
Reability investigations of bacteriological aspects of play dough (Oyun hamurlarının bakteriyolojik açıdan güvenilirliğinin araştırılması)
Objective: The aim of this study is to microbiologically evaluate the play doughs sold in stationery shops in Düzce province and frequently used in preschool education institutions. Methods: 50 samples from five differen...
2013 yılında Muğla ili Marmaris ilçesinde görülen Staphylococcus aureus enterotoksin kaynaklı gıda zehirlenmesinin değerlendirilmesi (Evaluation of food poisoning of Staphylococcus aureus enterotoxin source in 2013 in the Marmaris district of Muğla, Turkey)
Amaç: Aynı yemek firması tarafından verilen öğle yemeği ve akşam yemeği sonrası iki okuldaki öğrenciler ile 17 işyerindeki işçilerden oluşan toplam 116 kişi; bulantı, kusma, karın ağrısı ve ishal şikâyetleri ile 23 Aralı...
Effects of colchicine on cell cycle arrest and MMP-2 mRNA expression in MCF‑7 breast adenocarcinoma cells (Kolşisin’in MCF-7 insan meme adenokarsinoma hücrelerinde hücre döngüsü tutulumu ve MMP-2 mRNA ifade seviyesi üzerine etkisi)
Objective: Colchicine is a tricyclic alkaloid drug and it’s been clinically used for a long time because of its anti-inflammatory effects. While colchicine has been safely used in oral applications, it’s been demonstrate...