Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF) Część I ‒ charakterystyka eksperymentu identyfikacji
Journal Title: Acta Bio-Optica et Informatica Medica, Inżynieria Biomedyczna - Year 2011, Vol 17, Issue 2
Abstract
Wprowadzenie w spektrometrach jonizacji typu MALDI zrewolucjonizowało proces identyfikacji białek. Automatyzacja procesu identyfikacji oraz bezpośrednie połączenie analizy spektrometrem masowym z separacją białek dwuwymiarową elektroforezą żelową (2D-GE) pociągnęły za sobą znaczny rozwój proteomiki. Późniejszy rozrost proteomicznych baz danych pozwolił na zwiększenie dokładności identyfikacji, z wykorzystaniem pierwszej w historii techniki wydajnej identyfikacji białek – peptide mass fingerprinting, w skrócie: PMF. Metoda peptide mass fingerprinting pozwala identyfikować białka z widm masowych uzyskanych w wyniku analizy próbki spektrometrem masowym. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, jak i ciągle obserwowane jej ulepszenia, autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej znajduje się opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część pracy jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym, związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Specyfikacja eksperymentu w pierwszej części pracy uwzględnia zarówno opis metody separacji, trawienia białek w próbce, jak i późniejszej ich analizy z wykorzystaniem spektrometru masowego. Eksperymentalne fazy metody PMF są opisane z uwzględnieniem ich cech biochemicznych, mających wpływ na dalsze etapy schematu identyfikacji.
Authors and Affiliations
Hanna Kamińska, Halina Podbielska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP70269
- DOI -
- Views 98
- Downloads 0
Ocena wybranych parametrów czynnościowych u pacjentów ze zmianami zwyrodnieniowymi dolnego odcinka kręgosłupa leczonych w warunkach sanatoryjnych
Celem pracy było zbadanie i określenie zmian wybranych parametrów czyimościowych u pacjentów ze zmianami zwyrodiueniowy-mi dolnego odcinka kręgosłupa (zakres ruchu, ból). Grupę badawczą stanowiło 30 osób (18 kobiet i 12...
STATISTICAL EFFECTS OF THE REPAIR MECHANISMS OF CELLS DAMAGED BY IONIZING RADIATION
Ionizing radiation passing through living matter in the form of ion tracks causes DNA double strand breaks, which lead to chromosomal aberrations. On one hand, the number of aberrations is determined by the absorbed dose...
Kompleksowa ocena stanu funkcjonalnego narządu żucia z użyciem różnych technik pomiarowych
W pracy omówiono biomechaniczne podstawy funkcjonowania narządu żucia człowieka, występujące zaburzenia czynnościowe oraz instrumentalne metody diagnostyki czynnościowej. Na podstawie analizy dotychczas stosowanych metod...
Ocena skuteczności postępowania fizjoterapeutycznego u pacjentów po udarze niedokrwiennym mózgu
Udar niedokrwienny mózgu jest trzecią co do częstości, po zawałach serca i nowotworach, przyczyną zgonów oraz najczęstszą przyczyną niesprawności u osób powyżej 40. roku życia. Celem podjętych badań byta ocena wpływu zas...
Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF) Część II ‒ algorytmy scoringu
Postęp w dziedzinie komputerów oraz rozwój Internetu zrewolucjonizował, proces identyfikacji białek oraz przyczynił się do szybkiego wzrostu proteomicznych baz danych. Krótko po wprowadzeniu pierwszej technologii identyf...