Molecular techniques for clinical diagnostic bacteriology (Klinik bakteriyoloji tanısında moleküler teknikler)

Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2015, Vol 72, Issue 1

Abstract

ABSTRACT Molecular methods have contributed tremendously to the understanding of the pathogenesis and epidemiology of infectious diseases. The polymerase chain reaction (PCR) is the most widely used target nucleic acid amplification method. By this method, a single copy of a nucleic acid is multiplied to more than 107 times within a very short period. New technologies such as real-time PCR, sequencing and mass spectrophotometry have been described and have many applications in a clinical microbiology laboratory. The greatest impact of real-time assays was in the field of virology where they have been used to detect rapidly a range of viruses in human specimens and to monitor quantitatively viral loads and response to antiviral therapy. In bacteriology they are used for rapid detection of bacterial pathogens and/or antibiotic resistance genes can help to ensure the appropriate use of antibiotics, reduce the duration of hospital stay and minimize the potential for resistant strains of bacteria to emerge. Commercial kits employing PCR technology for detection of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis have been developed. Nucleic acid amplification tests can be used directly to identify Mycobacterium tuberculosis complex in clinical specimens. Some clinical laboratories have developed their in-house assays based on PCR assays to detect M. tuberculosis in clinical specimens. Some studies have compared the kits and “in-house” methods and have found similar results. In addition to in-house developed assays, there are commercial amplification tests some of them that are widely used. This chapter describes the basic principles and applications of recently DNA-based molecular techniques for the clinical bacteriology. ÖZET Moleküler yöntemler enfeksiyon hastalıkların patogenezinin ve epidemiyolojisinin anlaşılmasında çok önemli katkıda bulunmuştur. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), en yaygın kullanılan hedef nükleik asit amplifikasyon yöntemidir. Bu yöntem ile tek bir nükleik asidin kopyası çok kısa bir süre içinde 107 kereden fazla çoğalır. Gerçek zamanlı PZR, sekanslama tekniği ve kütle spektrofotometresi gibi yeni teknolojiler klinik mikrobiyoloji laboratuvarında birçok uygulama alanı kazanmıştır. Gerçek zamanlı tekniklerin en büyük etkisi viroloji alanında olmuştur ve bu tekniklerin klinik örneklerde çeşitli virüslerin tespiti, kantitatif viral yükleri ve antiviral tedaviye yanıtı izlemek için kullanılmıştır. Bakteriyoloji alanında bakteriyel patojenler ve/veya antibiyotik direnç genlerinin hızlı tanımlanması, antibiyotiklerin uygun kullanımını sağlar, hastanede kalış süresini kısaltır ve dirençli suşların gelişme potansiyelini azaltır. Neisseria gonorrhoeae ve Chlamydia trachomatis tespiti için PZR teknolojisi kullanan ticari kitler geliştirilmiştir. Nükleik asit amplifikasyon testleri klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis kompleks’inin doğrudan tespitinde kullanılabilir. Bazı klinik laboratuvarlar, klinik örneklerden M. tuberculosis’i tespit etmek için PZR deneylerine dayalı kendi in-house deneylerini geliştirmiştir. Bazı çalışmalar hazır kitleri ve “in-house” yöntemleri karşılaştırmıştır ve benzer sonuçlar bulmuştur. In-house geliştirilen yöntemlere ek olarak bazı ticari amplifikasyon kitleri yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu bölümde güncel DNA yöntemine dayalı moleküler tekniklerin temel ilkelerini ve klinik bakteriyoloji için uygulamaları açıklanmıştır.

Authors and Affiliations

Nevriye GÖNÜLLÜ

Keywords

Related Articles

Psychoda albipennis’e bağlı tekrarlayan üriner miyazis (Recurrent urinary myiasis caused by Psychoda albipennis)

Miyazis canlı insan ve vertebralı hayvanların, çeşitli sinek türlerinin larvaları tarafından istilası olarak tanımlanır. Tropikal ve subtropikal ülkelerde insanlarda miyazise neden olduğu bilinen sineklerin 50’den fazla...

Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları (Microorganisms isolated from blood cultures of the patients in intensive care units and their antibiotic susceptibilities)

Amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonlarına yol açan etkenlerin ve antibiyotik duyarlılıklarının tanımlanması ve belirlenmesi, klinisyeni doğru ve uygun ampirik tedaviye yönlendirmek açısından önemlidir. Bu çalışmada, hastanemiz...

Probiyotiklerin tümör baskılayıcı etkileri (Tumor suppressor effects of probiotics)

Hipokrat’ın “Tüm hastalıklar bağırsakta başlar.” yaklaşımından sonra günümüzde de bağırsaklar “ikinci beyin” olarak adlandırılmakta ve bağırsaktaki mikrobiyal denge-sağlık ilişkisi yoğun araştırmaların konusu olmaktadır....

Üçüncü basamak bir hastanede tespit edilen cerrahi alan enfeksiyonlarının değerlendirilmesi (Evaluation of surgical site infections detected in a tertiary care hospital)

Amaç: Cerrahi müdahalenin en önemli komplikasyonlarından biri Cerrahi Alan Enfeksiyonlarıdır (CAE). Bu çalışmada 2009-2014 yılları arasında beş cerrahi ünitede karşılaşılan cerrahi alan enfeksiyonlarının türlerinin ve iz...

Kırmızı biberde aflatoksin oluşturmayan Aspergillus flavus izolatlarının belirlenmesi (Determination of Aspergillus flavus isolates that do not produce aflatoxin in red pepper)

Amaç: Türkiye’nin güneyinde yer alan Kahramanmaraş, kırmızı biber üretmek için geniş üretim alanlarına sahiptir. Kurutulmuş kırmızıbiber dünyada en çok üretilen baharattır ve kurutulmuş gıdalar en fazla mikotoksin bulaşı...

Download PDF file
  • EP ID EP490175
  • DOI 10.5505/TurkHijyen.2015.32704
  • Views 130
  • Downloads 0

How To Cite

Nevriye GÖNÜLLÜ (2015). Molecular techniques for clinical diagnostic bacteriology (Klinik bakteriyoloji tanısında moleküler teknikler). Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 72(1), 63-72. https://europub.co.uk./articles/-A-490175