Послідовність хромосоми Streptomyces globisporus 1912-2, гомологічна гену afsA S. griseus NBRC 13350
Journal Title: Вісник Українського товариства генетиків і селекціонерів - Year 2015, Vol 13, Issue 1
Abstract
Мета - виявити послідовність хромосоми Streptomyces globisporus 1912-2 гомологічної afsA-гену S. griseus NBRC 13350 та визначити in silico ступені подібності первинної будови визначеної послідовності і afsA-генів інших мікроорганізмів. Методи. Використовували ресурси сервера NCBI (BLAST: blastx, discontiguous megablast) для аналізу in silico бібліотеки контигів S. grlobisporus 1912-2 та Інтернет баз даних. Результати. Виявлено нуклеотидну послідовність S. globisporus 1912-2 (afsA-ген), що детермінує фермент AfsA, яка розташована на Contig 70 (5134 - 6078 п.н.). Встановлена значна гомологія (84 %) первинної будови аналогічних генів S. globisporus 1912-2 та S. griseus NBRC 13350. Тільки у семи штамів стрептоміцетів з 4 родів виявлено послідовності, гомологічні більш 80 % послідовності afsA-гену S. globisporus 1912-2 при ступені їх ідентичності більшої 75 %. Висновки. Встановлено наявність в хромосомі S. globisporus 1912-2 afsA-гену, що детермінує фермент (AfsA), який забезпечує синтез А-факторподібної речовини. Фермент AfsA S. globisporus 1912-2, має типову для ферментів Нot_dog-суперродини архітектуру: утворюються два "hotdog fold" домени з AfsA-родини.Ключові слова: стрептоміцет, нуклеотидна послідовність, гомологія, ген, фермент.
Authors and Affiliations
L. V. Polishchuk
Keywords
Related Articles
- EP ID EP613845
- DOI -
- Views 77
- Downloads 0
Організація та мінливість міжгенного спейсера 5S рДНК Lathyrus venetus
Мета. У популяціях Lathyrus venetus (Mill.) Wohlf. – реліктового виду, включеного до Червоної книги України з статусом «вразливий» – більшість рослин є гібридними формами зі спорідненим видом L. vernus (L.) Bernh. Тому в...
Молекулярна організація 5S рДНК Brunfelsia uniflora (Pohl.) D. Don
Мета. 5S рДНК становить зручну модель для вивчення молекулярної еволюції тандемно організованих повторюваних послідовностей. Проте, у багатьох групах покритонасінних рослин ця ділянка геному все ще залишається вивченою ф...
Molecular organization of 5S rDNA of perennial ryegrass Lolium perenne L.
Aim. Ribosomal DNA (rDNA) is an important tool for molecular taxonomy and represents a convenient model for studying the evolution of repeated sequences. However, for many groups of angiosperms, 5S rDNA remains poorly st...
Роль кореневої системи в посухотолерантності кукурудзи: анатомічні, фізіологічні, молекулярно-генетичні аспекти
Огляд присвячено сучасному стану досліджень кореневої системи кукурудзи з точки зору її ролі в забезпеченні посухотолерантності та врожайності. Подається опис ідіотипу кореневої системи кукурудзи - оптимальної архітектур...
X International conference “Factors in experimental evolution of organisms”. Information letter № 2