Розподіл петельних доменів хроматину за розміром і функціональним станом та його реорганізація при активації клітин: аналіз даних Ні-С
Journal Title: ScienceRise: Biological Science - Year 2018, Vol 0, Issue 5
Abstract
<p>Структура хроматину на найвищих рівнях його організації, залишаючись не до кінця зрозумілою, привертає велику увагу, оскільки лежить в основі регуляції функціональних процесів в ядрах еукаріотичних клітин. Важливим аспектом цієї організації є наявність відносно автономних структурних елементів – петельних доменів хроматину. Одним з найефективніших методів дослідження просторової структури хроматину є метод Ні-С. Біоінформатичні бази даних містять великі масиви даних Ні-С, які не були детально проаналізовані. Зокрема, не було проведено детальний аналіз розмірів петель та закономірностей їх розташування у певних хроматинових зонах ядра (транскрипційно активних чи неактивних ділянках), залишається невідомим, як змінюється і чи змінюється взагалі щільність та розміри петель в залежності від функціональної активності хроматинових ділянок.</p><p><strong>Мета дослідження</strong> полягала у з'ясуванні особливостей розподілу петельних доменів хроматину за розміром та функціональним станом у клітинах з різною функціональною активністю.</p><p><strong>Матеріали та методи:</strong> біоінформатичний аналіз даних, отриманих методом Ні-С, депонованих у загальнодоступних базах даних.</p><p><strong>Результати:</strong> отримано розподіли петельних доменів хроматину за довжиною у клітинах різних типів, розподіл петельних доменів по різних компартментах хроматину в лімфобластоїдних клітинах GM12878 та розподіли за довжиною у межах цих компартментів, а також проаналізовано зміни у розподілі петель за довжиною при активації лімфоцитів миші.</p><p><strong>Висновки:</strong> розподіл петельних доменів хроматину за розміром має експоненційний характер, параметри розподілу є клітино-специфічними, більша частина петель розташована в межах еухроматинових зон, а підвищення транскрипційної активності клітини супроводжується зростанням кількості петель при одночасному підвищенні їхньої середньої контурної довжини</p>
Authors and Affiliations
Katerina Afanasieva, Andrei Sivolob
Keywords
Related Articles
- EP ID EP526780
- DOI 10.15587/2519-8025.2018.143734
- Views 124
- Downloads 0
Жирнокислотний склад печінки стерляді різного віку
<p>Важливе значення у формуванні реакції організму до екзогенного впливу надається ліпідам, що пов’язано з їх роллю в енергетичних і сигнальних системах клітин та як структурних компонентів клітинних мембран. На сьогодні...
Біохімічна характеристика надземної фітомаси рослин роду Astragalus L. В правобережному лісостепу України
<p class="a"><strong>Мета</strong><strong> </strong><strong>роботи</strong> – з’ясувати видові особливості біохімічного складу представників роду Astragalus як цінної фітосировини лікарського та енергетичного спрямувань...
Динаміка флори екосистем перелогів Українського Полісся
<p>Дослідження флори перелогів – важливий етап в прогнозуванні їхньої динаміки. Це дозволяє встановити атрактори розвитку таких екосистем та темп сукцесії, передбачити появу і поширення видів, що потребують особливої ува...
Вплив амоніаку вод поверхневих джерел водопостачання на їх токсичність для Rana ridibunda (Pallas, 1771)
<p><strong>Мета.</strong> Виявлення впливу амоніаку вод поверхневих джерел водопостачання на формування їх токсичності, визначеної за показниками рухової активності молоді жаби озерної (Rana ridibunda Pallas, 1771).</p><...
Радіаційно-індуковані аберації хромосом у онкогінекологічних хворих та хворих з пухлинами голови та шиї при променевій терапії на лінійному прискорювачі
<p><strong>Мета:</strong> Оцінка перебігу радіаційно-індукованих аберацій хромосом у лімфоцитах онкогінекологічних хворих та хворих з пухлинами голови та шиї впродовж променевої терапії на лінійному прискорювачі в залежн...